二千年女王と千年女王は互いに罵倒しあっているところへ、聖徳太子が「何が千年、二千年だ。おまえらは鶴と亀かー」と現れる。そこへイザナギ・イザナミもやってくる。
互いの名前をバカにしていると、穴を掘る音が聞こえる。神の存在を天下にしらしめる時がきたと、二千年女王・千年女王・聖徳太子が去った後、イザナギ・イザナミは天のぬぼこをかき回し、日本国を創る。と、また、何かを掘る音がする。イザナギは「もうすぐ人がこちらの世界に迷い込む」との言葉を残して去る。
②現代－遺跡発掘現場－２０００年前の弥生人の脳がみつかった話をしている直美・深雪。なんとかその話の輪に入ろうとしては怒られている喜一。その現場を指揮する、「神の手を持つ」と言われる村藤が現れ、穴を指し、「ここを掘ると真実が現れる」と告げながら、喜一を穴に放り込む。何かをみつけたような言葉を残して、喜一がいなくなる。心配になった直美・深雪は穴の中へ喜一を追っていく。
③穴の中－現代の神隠しにあったのか、喜一の姿が忽然と消えた。他に抜け道もなさそうなのに・・・喜一を追って更に奥へと進んでいく二人。
④古代神話の世界－歴史で描かれている聖徳太子からはほど遠く、ガラの悪い聖徳太子をなんとか教育し直そうと歴史書を読んで聞かせるイザナギ・イザナミだったが、「これは聖徳太子ではない」と二人で聖徳太子を絞め殺してしまう。
⑤現代－穴の中に喜一の姿をみつけることはできず、タイムカプセルのようなものをみつけた直美・深雪。中を開けてみるとと、喜一からと思われるメッセージが入っていた。
⑥古代神話の世界－聖徳太子を殺してしまったイザナギ・イザナミは、聖徳太子の代わりでもいないものかと頭をひねっていると、聖徳太子そっくりの喜一がやってくる。自分達のことを「神じゃ」なんていう変な格好をした二人を見て、「ああ、上さんね、さわらぬ神にたたりなし」と逃げ出そうとする喜一を、イザナギ・イザナミは「そなた、神になりたくはないか？」そうすればこの世は自分の思いのままになると、喜一を聖徳太子として教育することにする。